ينظم المركز مؤتمراً دولياً سنوياً ليومين في الدوحة عاصمة دولة قطر أو خارجها. يدور المؤتمر حول موضوع واحد أو أكثر في مجال الأخلاق حيث يشارك أبرز المتخصصين في المجال من العالم أجمع بآرائهم حول المسائل المطروحة. كما تنظم حلقات نقاشية مصغرة بالتزامن مع المؤتمر تطرح فيها موضوعات متخصصة ليناقشها العلماء والخبراء والباحثون والطلاب ساعين للإجابة عن أهم ما تحمله هذه الموضوعات من هموم أخلاقية و إشكالات عملية.
يشارك مدراء المركز والباحثون المتعاونون معه بانتظام في محاضرات عامة محورها الأساسي هو الأخلاق الإسلامية و تطبيقاتها مع ربطها بمقاصد الشريعة. وتقام هذه المحاضرات داخل قطر وخارجها سواء في الجامعات أو المؤسسات غير الحكومية إسلاميةً كانت أم غير إسلامية أو في المؤسسات البحثية أو اللقاءات العلمية التي تهتم بمجال عمل المركز والموضوعات التي يتناولها بالدراسة
يدير المركز عدداً من المشروعات بالتعاون مع مؤسسات وجهات أخرى في قطر وخارجها. يهدف هذا النوع من التعاون إلى بحث دور الأخلاق الإسلامية في تلك المشروعات. بالإضافة إلى ذلك يقدم المركز توصياته للمؤسسات العامة والخاصة لتطوير سياساتها بما يتناسب مع المعيار الأخلاقي بالإضافة إلى الإسهام في تطوير المواثيق الأخلاقية في مجال عمل تلك المؤسسات
يتلقى المركز بشكل دائم طلبات من الجامعات والمعاهد التعليمية حول العالم لإقامة دورات تدريبية حول الأخلاق الإسلامية ومقاصد الشريعة. و يلبي مدراء المركز و الباحثون المتعاونون معه كثيراً من هذه الطلبات بما يتناسب مع أهداف المركز الاستراتيجية سواء من حيث مضمون هذه الدورات أو وقت ومكان إقامتها
يسعى المركز إلى تنظيم أربع ندوات وورش عمل سنويًا. تدرس كل ندوة مسألة ذات بعد أخلاقي وأثر تطبيقي في واقعنا المعاصر وتقع هذه المسائل ضمن المجالات البحثية التي يتناولها المركز. يجتمع في هذه الندوات أربعة من علماء الشريعة وأربعة من العلماء المتخصصين في مختلف المجالات لثلاثة أيام متتالية ساعين للرد على الإشكالات الأخلاقية التي تواجهها الإنسانية